İzmir’in Karantina semti adını 1845 yılında veba salgınını önlemek için kurulan karantina binasından alır. O dönemlerde veba salgınını önlemek amacıyla, dışarıdan gelen tüm gemiler Karantina sahilinde denizde kırk gün bekletiliyor, yolcular ise karantina binasında misafir ediliyordu.
Karantina; İzmir'in Küçükyalı, Mektupçu ve Halil Rıfat Paşa semtleri arasında yer alan bölgesidir. Aynı zamanda bölge Küçükyalı ismiyle de bilinmektedir. İşte Karantina'nın hikayesi...
İzmir'in "Yalılar" olarak adlandırılan ve İzmir Körfezi iç bölümünün güney yönünde bir semt. 1840'lı yıllardan sonraki belgelerde adını görmeye başladığımız Karantina, XIX. yüzyıl sonlarından itibaren Yahudiler tarafından "Kallithea" olarak anılır. Adını, İzmir'e gelen vapurlar için yapılan Karantina binasından almıştır. İzmir'in ilk karantina merkezi, o zamanlar iç körfez kıyısı olan ve henüz doldurulmamış durumdaki "Mortakya"dadır. O bölgenin adının bu şekilde "ölüm"le ilgili ifade taşıması, var olduğunu bildiğimiz mezarlıklardan değil; bu karantina bölgesinde yaşanan salgın hastalıklarla ilgili ölüm vakalarından gelir.
Mortakia bölgesi gelen alüvyonlarla yarı dolgu yarı bataklık hale dönüşmeye başlayınca yeni merkez olarak sonradan adı Karantina olacak bölge seçilir. 1844 yılında yapımına başlanmış olan Karantina binasında çalışanlar ve yöneticiler için çevrede yapılan ilk evler aynı zamanda bu semtin de çekirdeğini oluşturur. İzmir rıhtımı için gerekli taşların büyük bölümü burada bulunan büyük kayalıklardan alındığından, kıyıda yol olabilecek bir alan belirir ve bu nedenle 1860'lardan itibaren yerleşme hızlanıp tatlı içme sularına sahip kuyularıyla da ünlü bu mahalle şehirle birleşme belirtileri gösterince, Karantina binaları 1866 yılında Urla ilçesi İskele mevkiindeki Karantina Adası'na taşınır.
Karantina, 1885 yılında İzmir'de muhtarlık teşkilatı kurulması sırasında "İzmir Karantinası" adıyla var olan mahallelerden birisidir. 1891 yılında 517 evin olduğunu bildiğimiz Karantina, nüfusun artmasıyla önceleri "Karantina İslâm" ve "Karantina Rum” adlarıyla; Cumhuriyetin ilk yıllarında ise “Birinci Karantina” ve “İkinci Karantina” adlarıyla iki büyük mahalleye ayrılır. İzmir merkezinde sokakların numaralandırılması uygulaması sırasında 221. ile 265. sokaklar arasındaki bölgeyi kapsayan İkinci Karantina'nın adı, İzmir Belediye Meclisi'nin 11 Şubat 1937 tarihli toplantısında alınan kararla Murat Reis olarak değiştirilir. Birinci Karantina ise Küçükyalı olur.
Semte adını veren "Karantina" sözcüğü aslı İtalyanca “Quarantina"dan gelmektedir. Özellikle Orta Çağ'da sık görülen salgın hastalıklara karşı bazı önlemler alınmaya başlamıştır. Bunlar arasında en sık görülen uygulamalardan biri de "Kapalı bir yerde, yedi gün boyunca gözetimde tutmak"tır. Sözünü ettiğimiz salgın hastalık dönemlerinde şehirleri silahlı muhafızlar korumuş, girişler çıkışlar kontrol altına alınmıştır. Bu konudaki en önemli uygulama 1349 yılında Venedik'te görülür. Bu uygulamada Venedik açıklarına gelen gemiler kırk gün bekletilmeye başlar. Bu nedenle de uygulama bu adı kırk sayısından alır. İlk karantina merkezi de 1423 yılında yine Venedik'te, "Lazaretto" adıyla kurulur.