İzmir Körfezi'nin ekolojik ve ekonomik değerini arttırmak, körfezin yüzülebilir hale gelmesini, canlı popülasyonun artmasını sağlamak, limanın genişlemesi ve yeni nesil gemilerin yanaşmasına olanak vermek üzere işbirliği yapan İzmir Büyükşehir Belediyesi ve TCDD, İzmir Körfezi tarama işlerinde işbirliği yapılması için 2011 yılında protokol yapmıştı. Protokol çerçevesinde yapılan çalışmalar projeye dönüştü ve “İzmir Körfezi ve Limanı Rehabilitasyon Projesi" kapsamında TCDD Genel Müdürlüğü tarafından körfezin güney aksı boyunca açılacak navigasyon kanalı ile körfeze temiz su girişi artacak. Büyükşehir Belediyesi tarafından kuzey aksında açılacak sirkülasyon kanalı sayesinde de ekolojik açıdan daha hassas olan kuzey kıyıları ile Gediz Deltası Sulak alanı boyunca körfeze giren temiz su miktarının ve dolaşımının hızlanarak, su kalitesinin ve ekolojik çeşitlilik çoğalacak.
İzmir Büyüşehir Belediyesi, Bakanlık onayının ardından ÇED nihai kararının iletilmesi sonrasında öncelikle mevcut gemilerle taranacak malzemenin iletimi için pompa ve boru alımı ve döşemesi işlemine ilişkin ihaleyi yapacak. Aynı süreçte tarama malzemesinin iletileceği Çiğli'deki Geri Kazanım Alanı'nda malzemenin kurutulacağı ve uzaklaştırılacağı havuzların olacağı sahanın hazırlanmasına yönelik ihalesi de gerçekleştirilecek. Projedeki doğal yaşam adaları ile imar planları ve uygulama projelerinin yapılması için de bir ihale yapılacak.
Yapılan ihalelerle boru ve pompalarının imalat süresi, deniz ve karada montajları ve geri kazanım alanının hazırlanma süreçleri dikkate alındığında 2017 sonbaharında tarama işlemleri başlayabilecek. Büyük Körfez Projesi kapsamımda İZSU, körfezin kuzey aksında 13.5 kilometre uzunluğunda 8 metre derinliğinde ve 250 metre genişliğinde sirkülasyon kanalının tarama işlemini, TCDD ise körfezin güney aksında 12 kilometre uzunluğunda 17 metre derinliğinde ve 250 metre genişliğinde Liman Yaklaşma Kanalı'nın taramasını yapacak. Taranan malzemenin bir kısmı 2. Kısım Konteyner Terminal Sahası'nda dolgu malzemesi olarak kullanılacak. Kalan diğer malzemeler Çiğli Atıksu Arıtma Tesisi sahasında geri kazanım amaçlı olmak üzere kurutulması sağlanarak çöp deposu alanları, taş ocaklarında üst örtü malzemesi, park bahçelerde ve inşaat sektöründe dolgu ve zemin iyileştirici malzeme olarak değerlendirilecek. Ayrıca körfez kuzey aksında belirlenen 2 adet doğal yaşam adasının oluşturulmasında bu taranan malzeme kullanılacak.
